嘉義市臨床心理師公會於民國93年5月26日申請立案，會址位於嘉義市北港路312號(即當年的署立嘉義醫院)，當時主要由嘉義市、嘉義縣以及雲林縣執業的臨床心理師所組成，第一屆理事長是謝玲玉臨床心理師。

隨著雲林地區臨床心理師人數增加，雲林縣臨床心理師們於民國101年獨立成立了雲林縣臨床心理師公會。

迄今，嘉義市臨床心理師公會已邁入第七屆，會員數也已超過60人。